Как оказалось, после клонирования репозитария из git, configure не находит заголовочные файлы. Решить эту проблему мы можем в 2 шага:
- нужен Perl, в Linux он уже есть, в в Windows мы ставим ActivePerl
- запускаем файлик из папки qt/bin/syncqt.bat - он как раз создает необходимые заголовки.
После этого можно запускать компиляцию.